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  • Covid-19 : le « Lancetgate » révèle des failles de l’édition scientifique
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/15/covid-19-le-lancetgate-revele-des-failles-de-l-edition-scientifique_6042946_

    Comment une petite société américaine est parvenue à accéder à un des plus grands journaux médicaux, et à travers lui, à infléchir la politique sanitaire d’un pays comme la France.

    Quelle sera la place de Sapan Desai au panthéon de l’inconduite scientifique ? Devra-t-on le classer au rayon des fraudeurs patentés, ou plutôt à celui des arrivistes aux données frelatées ? Ce médecin et entrepreneur américain, fondateur d’une obscure société, Surgisphere, est en tout cas parvenu, en quelques semaines, à cosigner des études sur le Covid-19 dans deux des plus prestigieuses revues médicales – le New England Journal of Medecine (NEJM) puis The Lancet – fondées sur des données de santé qu’il dit avoir collectées auprès d’hôpitaux du monde entier. Et ainsi à infléchir la politique sanitaire d’un pays comme la France – qui a abrogé l’usage de l’hydroxychloroquine contre le nouveau coronavirus –, et à faire suspendre des essais cliniques internationaux sur cette molécule, au plus fort d’une pandémie mondiale. Avant de choir de ce piédestal, ses données mises en cause, sa réputation en pièces et ses articles rétractés.

    Cette ascension et cette chute-éclairs mettent à nu certains des ressorts intimes de la recherche et interrogent sur la faillibilité du contrôle qualité dans la diffusion de la production scientifique, à la fois bien public et secteur économique hyperconcurrentiel. D’autant que s’ajoute à cette fable du « Lancetgate » un ingrédient, l’hydroxychloroquine, qui hystérise tout ce qu’elle touche.

    Sapan Desai, l’insaisissable
    Qui donc est Sapan Desai ? Insaisissable, le personnage nettoie aujourd’hui sa légende sur les réseaux sociaux et les sites Internet – celui de sa société Surgisphere est désormais suspendu –, comme pour cacher ses frasques et brouiller les pistes. Il n’a pas répondu à nos sollicitations. Agé de 41 ans, il est diplômé de médecine de […]

    #paywall

    • [...] Agé de 41 ans, il est diplômé de médecine de l’université de l’Illinois en 2006. L’année suivante, alors qu’il se spécialise en chirurgie vasculaire à l’université Duke, il crée Surgisphere, une société destinée à diffuser des manuels médicaux. En 2010, il fonde le Journal of Surgical Radiology, dont la parution cesse en 2013, alors même qu’il revendique 50 000 abonnés et près d’un million de pages vues par mois – « ce qui l’aurait placé dans l’élite de l’édition universitaire », ironise la revue Science. Le médecin, qui a passé un MBA en gestion de la santé à Salt Lake City, se serait alors réorienté vers la gestion de données hospitalières.

      Voici comment il se présente à travers la plate-forme Crunchbase : « Il est le visionnaire derrière QuartzClinical, une plate-forme d’analyse des données de santé basée sur le cloud qui aide les hôpitaux à repenser leur mode de fonctionnement. (…) Le docteur Desai aime former d’autres professionnels par l’intermédiaire de ClinicalReview, la filiale d’enseignement médical de Surgisphere et l’un des plus grands portails d’enseignement médical en ligne du monde. »

      La réalité cernée par les limiers de la presse anglo-saxonne et des réseaux sociaux est moins reluisante. The Scientist a ainsi relevé que certaines des distinctions dont se prévaut le chirurgien sont moins prestigieuses qu’il n’y paraît, que des médecins cités comme ayant plébiscité en ligne ses revues ont demandé que ces recensions soient effacées, car ils ne les avaient jamais écrites. Desai fait l’objet dans l’Illinois de plusieurs plaintes concernant sa pratique médicale – poursuites qu’il juge « infondées », indique The Scientist . Il a tenté une levée de fonds qui a tourné court pour la mise au point d’un système de stimulation cérébrale. Remontant plus encore dans le temps, la biologiste Elisabeth Bik, qui s’est spécialisée dans la détection de la fraude scientifique, a relevé des duplications d’images suspectes dans sa thèse de médecine.

      Sa société Surgisphere suscite bien des questions. Basée au domicile de Desai, elle revendiquait il y a peu une dizaine de salariés – l’un décédé, certains au CV peu en rapport avec l’activité de la société. Des « détectives » en ligne se sont particulièrement intéressés à la directrice des ventes, s’interrogeant sur son éventuel passé de modèle à Las Vegas ou d’actrice de films X… La société d’édition scientifique Elsevier a décidé de réexaminer l’ensemble des articles impliquant Surgisphere.

      L’intermédiaire et la caution intellectuelle

      A ce stade, il convient de présenter un autre protagoniste, Amit Patel, coauteur des articles désormais rétractés du NEJM et du Lancet . « Par mariage », dit-il, il fait partie des relations familiales de Sapan Desai. Chirurgien cardiaque, il était jusqu’à il y a peu rattaché à l’université de l’Utah, liens aujourd’hui rompus, indique celle-ci. La revue Science a noté que sur les 100 publications scientifiques listées sous son profil dans cette université, les deux tiers renvoient à des travaux signés par des homonymes. Il a fondé et collabore avec des sociétés commercialisant des traitements à base de cellules souches présumés lutter contre des problèmes cardiaques, le vieillissement ou les défaillances sexuelles. Les études cliniques vantant ces traitements semblent s’être arrêtées à des stades très préliminaires, constate aussi Science.

      Avant d’adopter le mutisme face aux questions de la presse, Amit Patel a indiqué sur Twitter avoir servi d’intermédiaire entre Desai et le troisième personnage central du « Lancetgate », Mandeep Mehra. Médecin formé en Inde, ce spécialiste respecté des transplantations cardiaques s’est hissé jusqu’à un des sommets de la médecine américaine, la Harvard Medical School. Son CV sans tache a sans doute retenu l’attention des éditeurs du NEJM et du Lancet quand il leur a soumis, avec Patel, Desai, et d’autres coauteurs, des manuscrits où la puissance des données fournies par Surgisphere était mise au service d’une cause urgente, la lutte contre le Covid-19. Il est le seul du trio à avoir fait montre de contrition : « Dans mon espoir de contribuer à cette recherche à une époque où les besoins sont grands, je n’ai pas fait assez pour m’assurer que la source de données était appropriée pour cet usage, fait-il savoir dans un communiqué. Pour cela, et pour toutes les perturbations – directes et indirectes – je suis vraiment désolé. »

      L’échantillon de Surgisphere impressionne

      Reprenons la chronologie de ces publications. La collaboration du trio s’est d’abord manifestée à travers une étude publiée en preprint, c’est-à-dire pas encore endossée par une revue scientifique. Mise en ligne en avril (et aujourd’hui retirée du site qui l’hébergeait), elle suggérait qu’un antiparasitaire, l’ivermectine, pourrait être efficace contre le SARS-CoV-2, en se fondant sur les dossiers médicaux de 68 000 patients de 169 hôpitaux dans le monde – un registre fourni par Surgisphere. Cette étude observationnelle avait conduit plusieurs pays, notamment en Amérique du Sud, à adopter ce traitement. Certains s’étaient cependant interrogés sur la méthodologie – l’épidémiologiste Dominique Costagliola (Sorbonne Université, Inserm) a qualifié l’article de « nul ».

      Ce n’était qu’un début. Le 1er mai, le New England Journal of Medicine publie une nouvelle étude associant le trio à d’autres chercheurs, montrant que la prise d’antihypertenseurs ne modifiait pas la mortalité chez les patients atteints de Covid-19. Cet article était accompagné de deux études allant dans le même sens publiées simultanément dans le NEJM. Fondé là aussi sur un registre de données de Surgisphere puisées auprès de 169 hôpitaux dans 11 pays, ce travail passe alors peu ou prou sous les radars.

      Le 22 mai, en revanche, quand The Lancet publie une étude signée de ces trois coauteurs et d’un chercheur suisse, l’attention des médias et des réseaux sociaux est immédiate. Mandeep Mehra et ses collègues constatent en effet que parmi des patients hospitalisés pour Covid-19, la mortalité et les arythmies cardiaques sont sensiblement augmentées chez ceux prenant de la chloroquine ou l’hydroxychloroquine, associée ou non à des antibiotiques comme l’azithromycine. Publiée après plusieurs études relevant l’inefficacité de la molécule vantée aux Etats-Unis par le président Trump sur la foi d’observations mises en avant par l’infectiologue Didier Raoult, ce nouveau résultat est repris par de nombreux journaux. Même s’il ne s’agit pas d’un essai contrôlé randomisé, qui apporte de meilleures garanties que cette étude de registre rétrospective, la taille de l’échantillon impressionne : 96 000 patients, 671 hôpitaux, toujours tirés des bases de données de Surgisphere.

      Les incohérences rapidement pointées

      Mais dès le lendemain, des voix se font entendre pour pointer des incohérences méthodologiques. En France, l’ancien ministre de la santé Philippe Douste-Blazy, qui siège au conseil d’administration de l’IHU dirigé par Didier Raoult, met en doute le sérieux de l’étude. Une confusion de sa part fait penser qu’il l’a peut-être lue trop hâtivement. Didier Raoult ne tarde pas à qualifier l’étude de « foireuse ». Mais on s’interroge sur son parti pris : quelques jours plus tôt, n’a-t-il pas qualifié de « très bonne » une étude favorable à l’hydroxychloroquine conduite à l’hôpital de Garches, dont le preprint sera ensuite retiré à la demande de coauteurs ?

      Le cercle des critiques ne se réduit pas aux soutiens inconditionnels de l’hydroxychloroquine. Une lettre ouverte lancée par l’épidémiologiste James Watson, rattaché à Oxford, rassemble bientôt près de 200 signataires, qui soulèvent une dizaine de questions méthodologiques, mais aussi éthiques. Ils ne se contenteront pas d’un erratum du Lancet , qui admet une erreur de codage ayant fait passer des morts asiatiques pour australiens et publie un nouveau tableau de chiffres – rectification qui valide les interrogations de Philippe Douste-Blazy.

      Mais les critiques vont en fait bien au-delà, et l’impensable commence alors à être envisagé : se pourrait-il que le jeu de données fourni par Surgisphere ne soit qu’un mirage sorti du cloud ? Les experts mandatés par Mandeep Mehra pour auditer les données ne pourront jamais les voir. Surgisphere fait valoir la force des accords de confidentialité le liant aux hôpitaux qui interdiraient de donner accès à des tiers. Face à cette impossibilité matérielle de valider les données, Mehra, Patel et Frank Ruschitzka (hôpital universitaire de Zurich) demandent le retrait de l’article du Lancet – sans Sapan Desai. La revue britannique annonce la rétractation le 4 juin. Deux heures plus tard, le NEJM fait de même.

      Les turpitudes d’un modèle honni

      Que s’est-il passé ? Comment une petite société inconnue quelques semaines plus tôt a-t-elle pu publier des données invérifiables dans deux grandes revues médicales réputées impitoyables dans la sélection des manuscrits ?

      Le NEJM renvoie une part de la responsabilité aux reviewers, ces scientifiques, relecteurs bénévoles, qui épluchent les articles à la demande des revues et sont essentiels au contrôle qualité de l’édition scientifique. Mais aussi aux auteurs eux-mêmes : « Dans l’article, ils ont indiqué que tous se portaient garants de l’exactitude et de l’exhaustivité des données. » Le NEJM rappelle qu’il publie 200 articles de recherche par an, qu’il n’a rétracté que 18 articles au cours des vingt dernières années. Ce dernier cas est qualifié d’« aberrant ». « Cependant (…), nous sommes en train de revoir nos procédures, y compris la manière dont nous évaluons les recherches analysant de grands ensembles de données provenant de dossiers médicaux électroniques », nous a indiqué le journal médical.

      Richard Horton, rédacteur en chef du Lancet, expliquait dans un Tweet juste avant l’affaire que, même face à l’urgence du Covid, les procédures d’évaluation des manuscrits restaient aussi rigoureuses qu’auparavant. Au moment de boucler notre article, il ne souhaitait pas s’exprimer avant d’avoir démêlé comment avait pu se produire cette « fraude monumentale », comme il l’a qualifiée selon New York Times. Suprême ironie, Sapan Desai, qui avait écrit en 2013 un article dénonçant la fraude dans le secteur médical, avait volé au secours de l’intégrité des procédures du Lancet, le 20 mai, sur Twitter, deux jours avant la publication de son article…

      Dans le milieu de l’édition scientifique, ceux qui tentent de faire émerger ces dernières années des modèles ouverts prônant le libre accès aux publications scientifiques et un partage des données voient dans le « Lancetgate » un concentré des turpitudes d’un modèle commercial honni – Elsevier, propriétaire du Lancet et de 2 500 revues, dégageait en 2018 un bénéfice de 1 milliard d’euros, avec une marge de 35 %… Ces « machines à cash » sont accusées de faire passer le profit devant la qualité scientifique.

      « Le système ne fonctionne pas »

      Face à l’afflux d’études engendrées par la crise du Covid-19, certains grands acteurs, comme Nature, ont pris les devants en autorisant, voire encourageant, la prépublication des articles qui leur sont soumis : ce sont autant de relecteurs qui peuvent relever à l’avance les faiblesses d’un manuscrit et éviter des « sorties de route » dommageables.

      « Le système de prépublication a certes du bon, mais je suis terriblement gênée que ces résultats soient d’abord diffusés dans les médias, sur les réseaux sociaux, avant toute évaluation scientifique, commente la biologiste Françoise Barré-Sinoussi (Prix Nobel 1988), qui préside l’un des comités Covid mis en place par le gouvernement. Cela me préoccupe. » Pour elle, des accidents comme celui arrivé au Lancet, « ce n’est pas si étonnant que cela en période de crise, dans des situations d’urgence comme celle-ci ».

      Pour certains observateurs, le mal est bien plus profond. « Ce genre de choses arrive souvent et nous devons arrêter de traiter chacune de ces histoires comme surprenante, estime le médecin et journaliste Ivan Oransky, fondateur du site Retraction Watch, spécialisé dans l’étude des dysfontionnements de l’édition scientifique. Le système ne fonctionne pas. » Et d’énumérer l’absence de transparence sur les reviewers et leurs revues, sur les données, la faiblesse des contrôles statistiques… « Il est clair que sur les 1 500 articles rétractés chaque année – dont les deux tiers pour mauvaise conduite –, il y a de nombreux problèmes liés aux données. »

      Selon Ivan Oransky, la crise engendrée par le SARS-CoV-2 n’a été qu’un révélateur : « Il n’y a pas tant d’experts du Covid que ça dans le monde. Comment peut-on imaginer qu’ils aient pu relire les 47 000 articles déjà publiés sur le sujet ? On demande donc à des chercheurs qui ne sont pas spécialisés. Mais ça arrive aussi en temps normal. » Pour lui, le système marque aussi trop de révérence envers les mandarins de la science. « Nous croyons trop, nous ne vérifions pas assez, c’est ce que cet épisode doit nous enseigner. » Mahmoud Zureik, professeur d’épidémiologie à l’université Versailles-Saint-Quentin, confirme : « En ce moment, les éditeurs demandent d’évaluer des articles en quarante-huit heures et harcèlent les relecteurs avec plein de messages. Une fois notre avis rendu, on n’a aucune nouvelle, notamment des auteurs à qui l’on demande des précisions », regrette-t-il.

      Bernd Pulverer, éditeur en chef de The EMBO Journal , estime qu’un travail de vérification plus scrupuleux des reviewers du Lancet aurait pu leur mettre la puce à l’oreille, mais que les auteurs restent les premiers garants de la qualité de leurs données. « Pour les données cliniques, l’accès peut être compliqué pour des raisons de protection des patients. Elles ne sont souvent disponibles que sous une forme agrégée, anonymisée, rappelle-t-il. Cependant dans l’article du Lancet, il n’y a aucun accès aux données sources, seulement des tableaux avec des résumés. » Pour lui, la transparence « est au cœur de l’autorégulation scientifique ». Mais au-delà, « les journaux scientifiques doivent ouvrir la boîte noire du processus éditorial à l’examen du public ! »

      Les pouvoirs publics trop rapides ?

      Une dimension frappante du « Lancetgate », c’est aussi la rapidité avec laquelle les pouvoirs publics ont réagi à la publication du Lancet. Dès le lendemain, le ministère de la santé français saisissait le Haut Conseil de santé publique pour avis. Le HCSP a honoré la commande, rendant en un peu plus de vingt-quatre heures un rapport de 28 pages qui allait conduire à l’arrêt de l’utilisation de l’hydroxychloroquine contre le Covid-19, décrétée le 27 mai. « The Lancet est une revue avec une bonne image, les auteurs stipulaient que leurs données étaient vérifiées, le papier avait été validé par les relecteurs et ses résultats étaient plausibles », justifie le virologue Bruno Lina, membre du groupe de travail consulté. « L’avis du HCSP s’est fondé sur le principe primum non nocere, d’abord ne pas nuire, avec en en arrière-plan l’idée de ne pas reproduire l’affaire du Mediator », résume-t-il. Ce groupe de travail aurait-il discerné les faiblesses de l’étude s’il avait eu plus de temps ? Le président du HCSP, Franck Chauvin, ne souhaite pas commenter, rappelant que « la publication du Lancet n’était qu’une des études prises en compte ».

      Interrogé le 9 juin au Sénat sur la rétractation de l’étude, le ministre de la santé a qualifié l’épisode de « regrettable », et de « douteuse » la qualité méthodologique de l’article. « Cela ne veut pas dire que le traitement en question ait fait montre de son efficacité dans des essais cliniques », a rappelé Olivier Véran, constatant que « le temps scientifique n’est pas le temps politique ».

      Le contrôle a posteriori qui caractérise la démarche scientifique, par la reproduction (ou non) indépendante des résultats et l’accumulation des preuves, montre ici ses limites en temps de crise, quand des décisions doivent être prises dans l’urgence, sous la pression des circonstances et des médias…

      Grand flou autour des données

      Reste le cœur du mystère Surgisphere. Ses données existent-elles vraiment, ou ont-elles été inventées ? Lu Chen, bio-informaticien aux National Institutes of Health américains, a été un des premiers à tirer la sonnette d’alarme à propos de la qualité de l’étude du Lancet. « Mais je crois toujours que la base de données entière existe, dit-il. J’ai enquêté sur le code source de l’outil de notation de la gravité du Covid [proposé en ligne par Surgisphere]. (…) Je ne crois pas que quiconque soit prêt à “inventer” ce modèle à partir de zéro ou en utilisant des données synthétiques. Mais il existe une zone grise entre l’existence et la qualité. »

      D’où ces données proviendraient-elles ? Plusieurs hôpitaux cités comme partenaires par Surgisphere ont nié lui avoir confié les dossiers médicaux numériques de leurs patients. Pour Nozha Boujemaa, spécialiste de l’intelligence artificielle appliquée à la médecine (Median Technologies) et contributrice du cahier « Science & médecine », il est tout à fait possible que Surgisphere ne soit qu’un intermédiaire, « une vitrine marketing », traitant des données aspirées par d’autres « en contrebande » dans les registres électroniques des hôpitaux. « Ce type de société existe. Elles proposent des logiciels gratuits, parfois directement intégrés aux systèmes d’imagerie. » Une façon commode de s’affranchir du parcours d’obstacle réglementaire pour accéder à des données sensibles – « c’est le même principe qu’avec la gratuité des services proposés par les géants du numérique », rappelle-t-elle. Mais la qualité de l’analyse clinique s’en ressent, illustrant l’adage garbage in, garbage out (quand on entre des ordures dans le système, il en sort des ordures).

      Mahmoud Zureik partage le même soupçon : « Je ne pense pas que ces données aient été inventées. Un fraudeur aurait pu faire mieux que ce qui a été publié » estime le chercheur. Il dit avoir déjà décliné des propositions de sociétés de service « qui aspirent ainsi des données au profit des industries pharmaceutiques. La direction de l’hôpital peut très bien ignorer cette pratique. Cela expliquerait la qualité médiocre des données et leur absence de représentativité ».

      Pour Nozha Boujemaa, les recherches cliniques académiques vont devoir se soumettre aux mêmes exigences de traçabilité et d’intégrité des données que celles imposées aux entreprises pharmaceutiques par les « gendarmes du médicament » que sont la FDA américaine ou l’EMA européenne : « L’intérêt du “Lancetgate” est de révéler ces failles, il va falloir en tenir compte. »

      « Imaginer qu’on va pouvoir contrôler toutes les données sources est utopique », estime pour sa part le cardiologue et pharmacologue Christian Funck-Brentano (La Pitié-Salpêtrière), qui rappelle en outre pourquoi le système a pu se laisser abuser : « Le fondement de la pratique scientifique, c’est la confiance. » Dans un commentaire publié par The Lancet le même jour que l’article du trio, il avait pointé des observations « intrigantes », sans suspecter la qualité des données. Il est pour lui « très frustrant que ceux qui se sont posé des questions aient d’abord été les religieux de l’hydroxychloroquine » . Le blogueur allemand Leonid Schneider, décapant investigateur des turpitudes du monde de la recherche, s’interroge à ce propos : si Sapan Desai ne s’était pas mis sur le chemin de cette molécule au centre de toutes les polémiques, aurait-il été si vite rattrapé par la patrouille ? Bonne question.

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      « LancetGate » : chronologie d’un double accident éditorial

      Avril 2020 Une étude en preprint suggère que l’ivermectine, un médicament antiparasitaire, peut être utile dans la lutte contre le Covid-19. L’article est notamment cosigné par Amit Patel (Université de l’Utah), Mandeep Mehra (Harvard School of Medicine) et Sapan Desai, fondateur de la société Surgisphere, qui a fourni les données médicales.

      1er mai Le New England Journal of Medicine (NEJM) publie une étude cosignée par ces trois mêmes auteurs montrant que les personnes sous antihypertenseurs ne sont pas à risque accru de décéder du Covid-19.

      22 mai The Lancet publie une étude où l’on retrouve les trois mêmes coauteurs faisant état d’une mortalité et d’arythmies cardiaques accrues chez les patients hospitalisés pour Covid-19 et traités par chloroquine ou hydroxychloroquine, associées ou non à des antibiotiques comme l’azithromycine.

      23 mai 13h29 Le directeur général de la santé Jérôme Salomon saisit le Haut Conseil de santé publique (HCSP) pour avis sur l’usage de l’hydroxychloroquine dans le cadre du Covid-19. Sur BFM-TV, l’ancien ministre de la santé Philippe Douste-Blazy émet des doutes sur la qualité de l’étude du Lancet. Le lendemain, le HCSP rend un avis négatif.

      25 mai L’Organisation mondiale de la santé (OMS) annonce la suspension provisoire de l’inclusion de patients sous hydroxychloroquine dans son essai clinique Solidarity, destiné à tester plusieurs traitements contre le Covid-19. Dans une vidéo diffusée par son institut marseillais, Didier Raoult qualifie l’étude du Lancet de « foireuse ».

      26 mai Mise en circulation d’une lettre ouverte adressée au Lancet et aux coauteurs de l’étude recensant de nombreuses questions méthodologiques.

      27 mai Le décret qui permettait l’utilisation de l’hydroxychloroquine pour lutter contre le Covid-19 est abrogé par un nouveau décret. Les essais cliniques français impliquant l’hydroxychloroquine sont suspendus.

      28 mai The Lancet apporte un correctif à l’article de Mehra et al., mais indique que ses conclusions restent inchangées. Sapan Desai annonce un audit indépendant sur ses données.

      2 juin The Lancet met en garde ses lecteurs (« expression of concern ») sur le fait que « d’importantes questions scientifiques ont été soulevées concernant les données rapportées dans l’article de Mandeep Mehra et ses coauteurs ».

      4 juin The Lancet et le NEJM annoncent la rétractation des articles impliquant les données de Surgisphere. L’OMS indique reprendre l’inclusion de patients sous hydroxychloroquine dans son essai Solidarity : l’examen des données n’a pas mis en évidence sa toxicité.

      #Surgisphere #discordance_des_temps #recherche #édition_scientifique #données #santé_publique

    • Le blogueur allemand Leonid Schneider, décapant investigateur des turpitudes du monde de la recherche, s’interroge à ce propos : si Sapan Desai ne s’était pas mis sur le chemin de cette molécule au centre de toutes les polémiques, aurait-il été si vite rattrapé par la patrouille ? Bonne question.

      #CQ #HCQ

    • L’absence de toute liste des hôpitaux participant à l’alimentation de la base de données de Surgisphere tant dans les annexes de l’article que sur le site de la société mettait déjà une grosse puce à l’oreille.

      Ça montre aussi l’absence de curiosité des 3 co-auteurs sur l’origine des données. Sapai : j’apporte les données, vous faites le reste.

      Ça montre surtout le caractère stratégique d’un projet de mutualisation des compte-rendus hospitaliers qui pourrait fournir cette mythique base de données pour études rétrospectives. De façon moins branquignolesque que Surgisphere et avec un financement public. OMS ?

      Mais peut-être est-ce une utopie. Tant l’idée de tout déverser dans un même entrepôt peut être séduisante, tant la réalisation pratique doit nécessiter un investissement colossal pour rendre tout ça compatible et comparable.

      Pour terminer, notons que tous ces systèmes informatisés issus des DSI sont d’abord conçus comme des systèmes de gestion à finalité comptable : ils sont les supports de la tarification à l’acte. Il s’agit donc d’utiliser les données collectées pour des fins de recherche clinique complètement extérieures au système de gestion.

      Éternel problème de l’utilisation des #données_administratives

  • #SARS‐COV‐2 children transmission: the evidence is that today we do not have enough evidence
    https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/apa.15396

    Dear Editors, I have read with interest the review by Ludvigsson on the role of children as transmitters of the new coronavirus (SARS-COV-2). An in-depth review of the current literature focused on 40 published articles and 7 non-peer reviewed papers1. All the papers included have been done under lockdown conditions . As a consequence, we should not ignore a main bias of this review1. The main conclusion we can draw now is that under confined conditions, children are not the main drivers of the COVID-19 pandemic. And “ Confined" is not a normal situation

    #enfants

  • Will Protests Increase the Spread of COVID-19 ? - IEEE Spectrum
    https://spectrum.ieee.org/the-human-os/biomedical/ethics/will-protests-increase-spread-covid19-coronavirus

    Si les manifestations pouvaient mettre fin au #racisme institutionnalisé et aux #violences_policières, l’augmentation de la #morbi-mortalité à court terme du fait du #COVID-19, serait, sans commune mesure, compensée à long terme,

    “Institutional racism is a public health issue. Police brutality is a public health issue,” says Joshua Weitz, a quantitative biologist at Georgia Tech, who has developed a model of COVID-19 spread in Georgia. “COVID-19 represents an ongoing threat and we must work collectively to control new transmission, yet we cannot wait to address systemic issues related to racism,” he says.

    [...]

    “These immediate health impacts need to be weighed against the potential for long-term reform,” Bedford wrote in his tweets. “Because of the pandemic, we’re in a terrible situation where addressing systemic racism and bringing [the] economy back online carry health risks.”

    But there is a way to attend the protests while trying to reduce risk and disease spread. “I participated in multiple Black Lives Matter protests in Atlanta this past weekend,” says Weitz. “In doing so, I wore a mask and tried to distance whenever possible.” Outdoor protests are likely to carry relatively less risk than indoor, and individuals who attend a protest should seek COVID-19 testing afterward, he says.

  • VICTOIRE DE LA CAMPAGNE BDS SUR LE BOYCOTT DES PRODUITS ISRAÉLIENS : LA FRANCE CONDAMNEE PAR LA CEDH
    La Campagne BDS France, le 11 juin 2020
    https://www.bdsfrance.org/victoire-de-la-campagne-bds-sur-le-boycott-des-produits-israeliens-la-fra

    Condamnation des autorités françaises : selon la CEDH, l’appel au boycott des produits israéliens est protégé par la liberté d’expression.

    La campagne BDS France se réjouit de l’arrêt de la Cour européenne des droits humains (affaire Baldassi et autres c. France, requêtes n°15271/16 et autres) rendu le 11 juin 2020 qui condamne la France pour avoir violé le droit à la liberté d’expression de militant-e-s associatif-ve ayant appelé au boycott de produits israéliens dans des magasins.

    L’article 10 protège la liberté d’expression, qui peut être restreinte à certaines conditions. Les militant-e-s BDS affirmaient que ces conditions n’étaient pas remplies et que leur liberté d’expression avait été bafouée par la France. A l’unanimité, la CEDH dit que la France a violé l’article 10 de la Convention.

    La France est donc condamnée pour violation de l’article 10 de la CEDH (qui protège la liberté d’expression) : elle doit verser dans les trois mois 7 380 euros personnellement à chaque militant et 20 000 euros en plus à eux tous en commun.

    La campagne BDS France relève également que la Cour a bien pris en compte les spécificités des appels au boycott des produits israéliens lancés par les militant-e-s associatif-ve-s engagé-e-s contre l’apartheid israélien. L’arrêt énonce que « les propos reprochés aux requérants concernaient un sujet d’intérêt général, celui du respect du droit international public par l’État d’Israël et de la situation des droits humains dans les territoires palestiniens occupés, et s’inscrivaient dans un débat contemporain, ouvert en France comme dans toute la communauté internationale » (§78).

    Ces propos relèvent de la liberté d’expression dans un régime démocratique et sont ainsi protégés. L’appel au boycott des produits d’un régime d’apartheid est bien un droit pour les mouvements mobilisés en faveur du respect du droit international, droit qui avait été exercé par les mouvements pacifiques qui ont lutté en Inde, aux Etats-Unis et en Afrique du Sud contre le colonialisme et la discrimination.

    L’arrêt de la Cour européenne des droits humains prouve, comme nous l’avons toujours dit, que les autorités françaises ont eu tort de vouloir criminaliser un mouvement non violent et responsable comme le nôtre, qui, tout en condamnant toute forme de racisme dont l’antisémitisme, réclame des mesures de boycott contre le régime israélien, ses entreprises et ses institutions, tant que cet Etat ne respecte pas le droit international. Cet arrêt met en lumière le caractère faux et malhonnête des tentatives de diffamation menées contre la campagne BDS, tentatives visant à museler celles et ceux qui demandent à agir contre l’apartheid israélien.

    Conséquemment à l’arrêt de la CEDH, nous demandons aux autorités françaises d’abroger immédiatement les circulaires Alliot-Marie et Mercier afin de reconnaître la légalité et la légitimité de nos modes d’actions non violents et d’entamer un dialogue avec nous afin de contribuer ensemble à exercer une pression sur l’Etat d’Israël en vue d’obtenir que le droit international soit respecté.

    Nous invitons les entreprises françaises à désinvestir d’Israël et aux institutions françaises à cesser toute collaboration avec les institutions publiques israéliennes.

    Nous sommes déterminé-e-s à continuer les actions de boycott des produits israéliens et des entreprises internationales complices de l’apartheid israélien. Nous réclamons également un boycott des universités et des institutions israéliennes complices, ainsi que des manifestations culturelles et sportives faisant la promotion de l’apartheid israélien.

    Israël, pays de l’apartheid, ne pourra pas indéfiniment empêcher la justice et la liberté pour le peuple palestinien de triompher !

    Nous invitons tou-te-s les citoyen-ne-s de bonne volonté et toutes les mouvements attachés au respect des droits humains et de la légalité internationale à rejoindre la campagne BDS. Notre mobilisation est plus que jamais légitime et indispensable au moment où les autorités israéliennes envisagent, en violation du droit international, d’annexer une partie de la Cisjordanie, poursuivant ainsi la dépossession du peuple autochtone palestinien, entérinée par le plan Trump.

    BDS pour la justice, la dignité et l’égalité !

    #France #BDS #Boycott #Palestine #Justice #Criminalisation_des_militants #Liberté_d'expression #CEDH #Cour_européenne_des_droits_humains

  • #Coronavirus : « Une seconde vague pourrait durer bien plus longtemps que la première » - Libération
    https://www.liberation.fr/france/2020/06/10/une-seconde-vague-pourrait-durer-bien-plus-longtemps-que-la-premiere_1790

    ... ce frein estival sur les virus respiratoires est une caractéristique épidémiologique qui relève uniquement des zones tempérées du globe. Les zones intertropicales ne sont pas concernées par cette digue saisonnière : par exemple, le virus de la grippe y produit des épidémies tout au long de l’année. En revanche, dans les pays tempérés de l’hémisphère Nord, comme au Sud, on n’observe jamais d’épidémie de grippe à la belle saison.

    • Nous ne sommes pas revenus à la vie d’avant. Toutefois, il est temps d’accompagner notre relâchement par une vraie stratégie participative de réduction des risques. Prenons un exemple d’actualité : plutôt que de dire aux gens qu’il ne faut pas manifester parce que c’est trop dangereux, il vaut mieux les informer des risques et leur proposer de les réduire en portant (correctement) un masque et respectant autant que possible les distances sociales. On peut aussi inviter les forces de police à restreindre l’usage des gaz lacrymogènes qui font tousser et larmoyer. L’heure n’est plus à la logique de prohibition et d’interdiction. La santé publique est restée un peu paternaliste. Elle devrait être désormais plus responsabilisante et associer les gens à leur propre prise de risque.

    • « De la première gouttelette de contamination jusqu’à la guérison (ou au décès) : ce que fait très concrètement le #COVID19 à votre corps, du gros et beau boulot ! »
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/06/12/covid-19-au-c-ur-de-la-bataille-immunitaire-contre-le-virus_6042632_4355770.

      Décryptages« Le Monde » a reconstitué la façon dont ce virus, le SARS-CoV-2, prend principalement place dans l’organisme, et pourquoi il est redoutable chez certains patients.

      Totalement inconnu il y a six mois, le virus SARS-CoV-2 s’est répandu sur cinq continents et dans quasiment tous les pays du monde, provoquant une pandémie d’autant plus difficile à contrôler que les scientifiques ne savaient quasiment rien de ce nouveau virus d’origine animale.

      Septième coronavirus connu à pouvoir infecter les humains, le SARS-CoV-2 est le virus responsable du Covid-19, une maladie respiratoire bénigne dans au moins 80 % des cas, mais hautement symptomatique chez 15 % des patients et très grave chez 5 % des sujets.

      Six mois après son émergence, le Covid-19 est désormais relativement bien décrit par de nombreux travaux scientifiques, mais n’a eu de cesse de surprendre les chercheurs par la variété des symptômes et des troubles engendrés dans le corps humain.
      Lire aussi : Covid-19, une maladie multicible

      Voici comment l’infection prend principalement place dans l’organisme, et pourquoi ce virus, le SARS-CoV-2, est redoutable chez certains patients.

  • « Il faut impliquer les personnes touchées dans la réponse à cette maladie », Peter Piot
    L’accroche en une « Nous devons vivre avec le Covid-19, comme nous vivons avec le VIH ».
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/06/11/peter-piot-il-faut-impliquer-les-personnes-touchees-dans-la-reponse-a-cette-

    Directeur de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, le médecin et microbiologiste belge Peter Piot a été nommé conseiller de la présidente de la Commission européenne pour la recherche sur le Covid-19. Propos recueillis par Paul Benkimoun

    Entretien. Directeur de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, le médecin et microbiologiste belge Peter Piot fut l’un des codécouvreurs du virus Ebola, avant d’être à la tête de l’Onusida (Programme commun des Nations unies sur le VIH-sida), de 1995 à 2008. Récemment nommé conseiller de la présidente de la Commission européenne, Ursula von der Leyen, pour la recherche sur le nouveau coronavirus, il a été lui-même sévèrement touché par le Covid-19.

    Quel regard portez-vous sur la manière dont le monde a réagi face au Covid-19 ?

    Ce que le Covid-19 nous a montré, c’est l’importance d’un leadership et d’avoir un bon système de santé publique préexistant. A part Singapour, Taïwan et Hongkong, tout le monde a sous-estimé l’ampleur et la vitesse avec lesquelles le virus pouvait se répandre. Les nations asiatiques avaient conservé le mauvais souvenir de l’épidémie de SRAS [syndrome respiratoire aigu sévère] en 2003 et étaient plus sensibilisées. Ils ont réagi en conséquence. Les pays qui ont immédiatement mis en place des dispositifs de dépistage ont eu le moins de décès. L’Allemagne a montré le chemin. Dès la fin janvier, elle disposait d’un test diagnostique et n’a pas attendu d’avoir beaucoup de cas pour l’utiliser à grande échelle.

    A l’autre extrême, le Royaume-Uni a réagi tardivement et a commencé à parler de mise en quarantaine pour les voyageurs quand le nombre de cas était en diminution. C’était trop et trop tard. En France comme de l’autre côté de la Manche, les stocks de masques constitués après la pandémie grippale [A(H1N1)] de 2009-2010 ont disparu des budgets. Et il y a eu un sous-investissement dans la santé publique.

    Vous évoquiez le reflux de la pandémie. Pourrions-nous en être bientôt débarrassés ?

    Nous ne sommes qu’au début de l’épidémie. Il n’y a aucune raison qu’après avoir atteint cette ampleur, elle disparaisse spontanément. Nous n’avons pas encore une immunité de groupe, même en Suède, où la stratégie qui misait là-dessus a échoué. Ce n’est que dans un an ou deux ans que nous pourrons faire le bilan de la riposte qui aura été la plus efficace.

    La situation dans le monde, mais aussi à l’intérieur des frontières nationales est hétérogène…

    Cette pandémie est un ensemble de nombreuses épidémies locales. Toutes les régions d’un pays ne sont pas touchées uniformément. L’action doit donc être locale ou régionale. La majorité des pays relâchent les mesures de distanciation physique. Des flambées épidémiques sont probables, mais pas de grande ampleur dans l’immédiat. Nous ne devons pas adopter une approche « bulldozer » et fermer tous les pays, mais cela suppose un niveau d’information en temps réel, très précis et très local, sur l’épidémie, afin de la maîtriser.

    Donc, cela implique de vivre avec le Covid-19…

    Oui, nous devons vivre avec le Covid-19, comme nous vivons avec le VIH. Nous devons admettre que l’éradication de ce virus n’est pas réalisable actuellement. La seule maladie infectieuse qui ait été éradiquée est la variole, et nous n’en sommes pas très loin avec la polio. Mais c’est tout.
    Si nous ne contrôlons pas le Covid-19, le système de santé ne peut fonctionner normalement. Il nous faut donc une approche de réduction des risques en minimisant l’impact de cette maladie et en réfléchissant à ce que nos sociétés sont prêtes à accepter pour cela.

    Il n’est pas possible de revenir au même confinement, pas tous les deux mois… Il a des effets secondaires énormes et des répercussions sur les autres pathologies : une surmortalité par infarctus du myocarde, AVC, cancer, faute d’accès aux soins essentiels ; il y a un fort retentissement sur la santé mentale. Sans parler des problèmes économiques. Vivre avec le Covid-19, cela signifie trouver des compromis entre la protection de la population et ne pas aggraver les problèmes. Il est nécessaire de modifier les comportements à grande échelle sur le port du masque, le lavage des mains et la distanciation physique. Dans beaucoup de pays, l’épidémie a surtout touché les maisons de retraite, les hôpitaux, les foyers des travailleurs du secteur de la santé et les prisons. Nous devons concentrer nos efforts sur ces lieux.

    Comment le continent africain va-t-il faire face à la pandémie ?

    Les épidémies voyagent. Il n’y a pas de raison que celle-ci évite l’Afrique. Le Covid-19 s’est pas mal implanté, notamment en Afrique du Sud, dans la région du Cap, mais ce n’est pas aussi spectaculaire qu’en Europe ou dans les Amériques. Est-ce une simple question de temps ? Le fait d’avoir une population plus jeune, en moyenne, que celle du Vieux Continent pourrait jouer. Des facteurs climatiques pourraient-ils atténuer le risque ? Nous l’ignorons. Reste que les mesures de distanciation physique ne sont pas applicables dans les grands townships, comme Khayelitsha, en Afrique du Sud, Kibera, au Kenya, ou dans les grandes villes africaines surpeuplées.
    C’est le même problème en Inde. A Bombay, les cas explosent, certains hôpitaux placent deux malades par lit… Hongkong a une densité de population très élevée, mais ses habitants vont plus loin que les recommandations des autorités.

    Que vous inspire la mobilisation internationale pour mettre au point un vaccin contre le Covid-19 ?

    Ce qui a déjà été accompli en cinq mois est impressionnant. Des laboratoires universitaires ou commerciaux, et non des moindres, ont commencé à travailler dès janvier. Lors du Forum de Davos [21-24 janvier], la Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies a accordé des financements à quatre projets de recherche sur les vaccins. Il existe plus d’une centaine d’initatives. Une dizaine d’entre elles, peut-être, aboutiront.

    Qu’attend-on d’un vaccin contre le Covid-19 ?

    Son cahier des charges comprend quatre conditions. Le vaccin doit démontrer qu’il protège contre l’infection ou, au moins, atténue les effets de la maladie et réduit le nombre des décès. Cela implique des essais cliniques dans une population où l’incidence du Covid-19 soit suffisante. Elle diminue en Europe. Peut-être au Brésil… D’une manière générale, peu de vaccins sont efficaces sur les maladies respiratoires, en dehors de celui contre le pneumocoque. Le vaccin doit aussi ne pas avoir d’effets secondaires. Avec une administration à très grande échelle, des effets indésirables rares toucheraient un nombre important de personnes. Une fois ces deux premières conditions remplies, il ne faut pas espérer une autorisation de mise sur le marché avant 2021.

    Troisième condition, des milliards de doses d’un vaccin contre le Covid-19 devront être produites. Une capacité de production qui n’existe pas à l’heure actuelle. Il faut investir pour acquérir et construire des unités de production répondant aux normes d’hygiène et de sécurité, avant de savoir si le candidat vaccin va marcher. Enfin, il faut tout faire pour que tous ceux qui ont besoin du vaccin y aient accès. La collaboration internationale ACT souligne la nécessité d’un accès équitable. C’est très important au moment où l’on voit apparaître un nationalisme vaccinal.

    Donald Trump affirme que les vaccins produits aux Etats-Unis seront réservés aux Etats-Unis. Il faut à tout prix éviter cela. Néanmoins, il faudra faire des choix sur les priorités pour la vaccination. Cela donnera lieu à des débats très durs, tant qu’il y aura une pénurie de vaccins.

    Vous avez été atteint du Covid-19. Comment avez-vous vécu votre maladie ?

    C’est une sale maladie, avec des aspects chroniques chez beaucoup de ceux qui l’ont eue. Ironiquement, j’ai passé la plus grande partie de ma vie d’adulte à combattre les virus, à leur mener la vie dure. Là, un virus a pris sa revanche sur moi ! C’est quand même différent quand on en fait l’expérience personnelle : je deviens − pour reprendre une expression néerlandaise − un « expert d’expérience ». Comme cela est devenu habituel dans la lutte contre le sida, il faut impliquer les personnes touchées dans la réponse à cette maladie.

    #Maladie_chronique

    • Oui, c’est un aspect qui me frappe depuis le déconfinement : la quantité impressionnante de mesures de réductions des risques, partout, depuis qu’on est déconfinés. Évidemment le port du masque assez systématique, mais aussi les sièges condamnés dans les transports en commun, la promotion du télétravail, les magasins avec des cheminements imposés pour éviter de trop se croiser, les files d’attente délimitées pour imposer les distances…

      Et ce qui me chagrine, c’est que je ne me souviens pas qu’une seule de ces mesures ait été imposées avant le confinement. Dans mon souvenir, on n’est pas loin d’être passés de « rien » ou « vraiment pas grand chose » à « tout le monde enfermé ». Si le but est de limiter le taux de reproduction, pourquoi aucune de ces mesures n’a été tentée avant ? Et est-ce que ces mesures ont été efficaces, avant, dans les pays qui ont limité l’impact de Covid-19 ?

    • C’est le truc qui m’a grrrrr en colère en mars : pourquoi on n’a strictement rien fait avant ? À part l’interdiction des rassemblements de plus de 5000 puis 1000 puis 100, avant le 15 mars rien sur le masque dans les milieux confinés, rien sur les comportements.

      Et ça me fout en rogne aujourd’hui encore de voir des mesures ultra compliquées imposées aux fonctionnaires (biblio ou Ehpad, ils et elles se plaignent de mesures disproportionnées et pas vraiment justifiées en l’état des connaissances : le bouquin en quarantaine trois jours en plus d’avoir la couv nettoyée et que la personne qui l’a consultée avait un masque et les mains passées au gel) alors que par ailleurs la vie sociale redevient une fête du slip : les hommes (nos amis couillus) baissent le masque dans le métro, les masques ne sont pas obligatoires dans des lieux publics confinés (dans mon magasin bio même le personnel n’en met plus, en rayons ou derrière les plastiques), les inconnus refont des bises. Une copine me racontait ce truc : elle cause avec une copine bobo du 11e qui porte un masque, elle lui demande pourquoi, on est en extérieur, la copine commence à expliquer et là un pote à elle arrive, se tient à distance de la meuf masquée mais à 30 cm de celle qui ne l’est pas.

      Ce que j’observe, c’est une disparition de la volonté de se prendre en main parce que les chiffres sont rassurants (et alors même que des personnes restent confinées par angoisse, merci pour elles de ne rien faire), le tout avec un vernis de rebellitude à la BHL : « Franchement j’en reviens pas de comment on a été obéissants, un vrai troupeau. » Alors que oui, on a bien fait vu nos moyens (pas de masques, pas de tests, pas de vaccin), on peut regretter d’avoir dû prendre des mesures low-tech dans un pays qui a les moyens, on peut s’indigner que ces mesures aient été appliquées avec un bâton, sans aucune confiance dans la capacité à se protéger et protéger leurs proches, et de manière pseudo-indifférenciée selon la géographie du virus (à la campagne dans une région pas touchée comme dans une métropole où le virus circule).

      Mais repasser en mode « je m’en fous », sans rien mesurer comme risque et sans penser sa réduction, au risque ensuite de devoir se refaire imposer un confinement sévère et extrêmement préjudiciable aux autres dimensions de la vie, c’est ce que libéralisme fait de mieux ces jours-ci. Ça me fait gerber.

  • Comment l’épidémie due au coronavirus peut-elle disparaître, ou survivre ? David Larousserie, Pascale Santi, Paul Benkimoun, Nathaniel Herzberg et Chloé Hecketsweiler
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/09/comment-l-epidemie-due-au-coronavirus-peut-elle-disparaitre_6042205_1650684.

    Le confinement a amorcé la décrue des contaminations... mais le coronavirus passera-t-il l’été ? Les chercheurs en débattent.

    On comptait 14 643 personnes hospitalisées le 29 mai. 665 de moins le 2 juin. Puis encore 924 de moins au 4 juin. Quatre semaines après la fin du confinement en France, l’épidémie de Covid-19 semble poursuivre son recul, comme dans la plupart des pays, à l’exception de ceux d’Amérique du Sud, et de l’Iran, qui connaît même un fort rebond. Pourtant, le conseil scientifique, dans son avis du 2 juin, reste prudent. Parmi ses quatre scénarios, il n’exclut pas celui de la « perte de contrôle » de l’épidémie.

    « Depuis le début, le conseil scientifique se place dans l’unique perspective du pire scénario, obnubilé par des modèles qui prévoyaient 500 000 morts en France et qui ont failli. La réalité, c’est que la vague est passée presque partout, que la décrue est générale, que certains pays n’ont plus aucun mort, indique Jean-François Toussaint, professeur de physiologie à l’université Paris-Descartes et directeur de l’Institut de recherche biomédicale et d’épidémiologie du sport (Irmes), opposant résolu au confinement. Ce virus est nouveau. On doit donc continuer à l’étudier, à le surveiller. Mais son cousin le plus proche, c’est le SARS-CoV, et ce coronavirus-là a bel et bien disparu en 2003. Pour moi, c’est l’hypothèse la plus probable. »

    « L’épidémie a été arrêtée par les mesures extraordinaires de distanciation, mais on a encore quelque 1 000 contaminations par jour en France , rappelle pour sa part Astrid Vabret, chef du service de virologie du CHU de Caen. Avec le retour de l’hiver et des activités d’intérieur, je vois bien ce virus revenir. Cela dépendra aussi de l’état immunitaire de la population, de la durée de protection que confère une première contamination et, bien sûr, de l’éventuelle arrivée d’un vaccin. »

    Entre ces deux situations de reprise ou d’arrêt, il existe plusieurs variantes, comme « une persistance à bas bruit, dans des poches, comme on le voit avec la polio » , décrit Jean-François Toussaint. Ou « une épidémie sous contrôle (…) associée à des clusters localisés pouvant être maîtrisés ». Voire une « reprise progressive » de l’épidémie à bas bruit, sans que les chaînes de contamination puissent être identifiées, au risque d’une détérioration rapide de la situation, pour le conseil scientifique.

    Article réservé à nos abonnés Lire aussi Patrick Berche : « Quand la grippe espagnole s’est éteinte, le virus est devenu saisonnier »
    Une épidémie obéit à « des lois froides de la physique » , selon les mots de Samuel Alizon, chercheur CNRS de l’équipe Evolution théorique et expérimentale du laboratoire Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle, à Montpellier. C’est-à-dire que si le nombre moyen d’infections secondaires est supérieur à 1 (une personne en contamine plus d’une en moyenne), l’épidémie repartira. Si ce paramètre, le fameux R0, est plus bas que 1, elle diminue. Le 4 juin, le point hebdomadaire de Santé publique France l’estimait à 0,76.

    Pour prévoir quel scénario sera le bon, il faut donc savoir quel facteur ferait pencher d’un côté ou l’autre de la barrière. Revue de détail de ces différents paramètres.

    Les mesures barrières

    Le dernier avis du conseil scientifique, daté du 2 juin, rappelle que « le confinement avait réduit le taux de transmission de SARS-CoV-2 d’à peu près 70 % à 80 % ». De quoi faire baisser le nombre moyen d’infections secondaires au-dessous de 1 et donc enrayer l’épidémie. Cela pourrait continuer, car, malgré les levées progressives de certaines mesures de contrôle, les comportements ne sont pas redevenus identiques à ceux de l’avant confinement. « Nous recommandons une large utilisation [des masques] dans les lieux publics et confinés (transports, commerces), mais aussi dans les rues bondées. Le masque nous protège et protège les autres », a rappelé Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique, au Journal du dimanche , le 7 juin.

    Comme le reconnaissent les membres du conseil scientifique dans leur dernier avis, le scénario de « perte de contrôle », qui n’est pas exclu, « exigerait des décisions difficiles, conduisant à choisir entre un confinement national généralisé, permettant de minimiser la mortalité directe, et d’autres objectifs collectifs, économiques et sociaux, s’accompagnant alors d’une importante mortalité directe ».

    L’arrivée de l’été

    « Dans les zones tempérées de l’hémisphère Nord, les virus respiratoires circulent de septembre à fin avril, selon un calendrier régulier » , constate Astrid Vabret. Fin septembre, ce sont les premiers rhinovirus, en décembre le virus syncytial, puis les coronavirus, avec leur pic en février, suivis des parainfluenza. S’y ajoute la grippe, l’hiver, pendant neuf à dix semaines par an. « Sur l’ensemble des pandémies avec une atteinte respiratoire haute, huit sur dix régressent l’été, mais cinq sur dix repartent à l’automne » , a rappelé Jean-François Delfraissy, sur France Inter, le 5 juin.

    Difficile, donc, de prévoir le comportement du virus. Première hypothèse, SARS-CoV-2 imiterait son plus proche parent, le SARS-CoV de 2003, autrement dit, il disparaîtrait dès la première saison. « Mais je n’y crois pas. Il y a eu tellement de foyers que je ne vois pas pourquoi il ne continuerait pas à circuler à bas bruit dans certains d’entre eux », indique Astrid Vabret. Deuxième hypothèse, il imite les quatre anciens coronavirus humains connus – HKU1, OC43, NL63, 229E – et devient saisonnier. C’est ce que semble indiquer un modèle de l’université Harvard, paru dans Science le 22 mai. En s’appuyant sur les variations saisonnières de deux d’entre eux, OC43 et HKU1, les chercheurs prévoient des pics épidémiques de Covid-19 aux mêmes périodes automnales et hivernales. La disparition actuelle n’est donc peut-être pas définitive.

    Le virus se modifie

    Pour les virologues, le SARS-CoV-2 reste « très mystérieux ». « Depuis le début, il nous a surpris et nous nous sommes trompés », admet Astrid Vabret. Après six mois de circulation à travers le globe, le pathogène ne semble pas endémique, comme le sida, mais bien épidémique. Il apparaît également « ubiquitaire », capable de contaminer la planète entière. Enfin, c’est un virus émergent, qui a rencontré une population dépourvue de défenses spécifiques.

    Pourrait-il s’atténuer ou muter, les coronavirus étant connus pour leur facilité à se recombiner ? « Ce génome mute peu, dix fois moins que le VIH et deux-trois fois moins que la grippe », constate Olivier Gascuel, directeur de recherche au CNRS et à l’Institut Pasteur. Environ 35 000 génomes viraux ont été séquencés et aucune preuve définitive n’a montré que, parmi ces mutations, certaines favoriseraient une transmissibilité accrue. De même, l’hypothèse de virus « affaibli » ou « défectueux » , c’est-à-dire ayant des génomes incomplets nuisant à sa réplication, n’a pas été confirmée.

    Il n’est donc pas évident que survienne le coup de chance qu’ont connu les porcs dans les années 1980. A cette époque, le TGEV, un redoutable coronavirus, provoquait chez eux une gastro-entérite mortelle. Mais il a muté en un coronavirus respiratoire, le PRCV, aussi contagieux mais bénin, offrant au passage une immunité croisée aux animaux.

    Une immunité croisée ?

    Dans les modèles les plus simples décrivant l’évolution d’une épidémie, la décrue commence lorsque le nombre de personnes infectées atteint un seuil dit d’« immunité de groupe ». La fourchette de 50 % à 70 %, souvent donnée, se déduit du nombre d’infections secondaires engendrées par un individu. C’est 50 % si une personne en infecte en moyenne deux autres ; 66 % si ce sont trois personnes. Dans son avis n°7 du 2 juin, le conseil scientifique s’attend « à ce que 3 % à 7 % de la population française ait été infectée par le SARS-CoV-2 durant la première vague ». Nous sommes donc loin des seuils d’une immunité de groupe.

    Mais les taux mesurés dans les enquêtes sérologiques reflètent la proportion d’individus chez lesquels les tests ont retrouvé des anticorps spécifiquement dirigés contre le SARS-CoV-2. Or, les anticorps ne représentent qu’une des deux formes de réponse immunitaire – l’autre, de type « cellulaire », repose sur des globules blancs spécialisés, les lymphocytes T. Dans les deux cas, la parade semble active sur les agents infectieux présentant certaines similitudes. Par exemple, un même type de fixation sur les cellules à infecter. Un virus nous protégerait donc d’un autre. C’est ce que l’on appelle l’immunité croisée, dotée d’une mémoire plus large que celle du seul agent infectieux qui l’a provoquée.

    Une partie encore indéterminée de la population bénéficierait ainsi d’une protection, au moins partielle, contre le SARS-CoV-2. « Plusieurs publications ont montré l’existence d’une protection croisée chez des personnes infectées par le SARS-CoV en 2003, mais peu de gens ont été infectés par celui-ci : 8 000 environ dans le monde », indique James Di Santo, responsable de structure à l’Institut Pasteur. Cela donne néanmoins une première idée de la durée de l’immunité croisée.

    Plusieurs publications rapportent l’identification d’anticorps monoclonaux spécifiques du SARS-CoV, qui neutralisent également le SARS-CoV-2, ou de lymphocytes T de type CD4 réagissant contre le SARS-CoV-2, non seulement chez 8 malades sur 10, mais aussi chez des personnes séronégatives pour ce virus. La mémoire de ces cellules aurait été acquise lors de rhumes fréquemment dus à des coronavirus saisonniers. « Cette immunité croisée pourrait jouer un rôle chez les personnes peu ou pas symptomatiques, notamment les enfants », souligne le virologue Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS.

    « Les enfants, du fait de l’entraînement de cette immunité innée par les infections virales et bactériennes successives de la petite enfance, ont possiblement une immunité “entraînée” plus efficace que celle des adultes », renchérit le pédiatre infectiologue Robert Cohen.

    Ces différents profils « protégés » pourraient expliquer une décrue alors que le nombre de personnes infectées reste bas, loin d’une immunité de groupe.

    Une susceptibilité individuelle sous-estimée

    Les seuils d’immunité de groupe ne sont en réalité peut-être pas aussi élevés que la théorie le prévoit. Cette dernière n’est en effet pas fausse, mais réductrice. Elle considère que tous les individus ont les mêmes probabilités d’être contaminés, et fait donc fi des variations individuelles. Or, celles-ci peuvent être très importantes. Gabriela Gomes, de l’université de Strathclyde, à Glasgow, et de l’Ecole de médecine tropicale de Liverpool, rappelle, dans un article de mars 2020 sur le paludisme, que 20 % des enfants en Afrique rurale concentrent 80 % des piqûres de moustique. Dans le même article, elle calcule que 20 % des personnes les plus à risque comptent pour 86 % des infections totales de paludisme en Amazonie. Son modèle consiste à ne pas prendre, dans les équations, une probabilité de contamination homogène, mais à lui donner une certaine distribution déséquilibrée pour tenir compte de profils plus à risque que d’autres.

    Dans un preprint (un article pas encore paru) du 2 mai 2020 sur Medrxiv.org, elle a appliqué ce principe au Covid-19 et constaté qu’en fonction de l’importance de la variabilité le seuil à partir duquel l’épidémie régresse peut être considérablement réduit et passer de 60 % à 10 %. Tout se passe comme s’il suffisait que l’immunité de groupe soit atteinte dans le groupe le plus à risque pour changer la dynamique de l’épidémie. Plus précisément, alors que l’hypothèse d’homogénéité parfaite prévoit un rebond fort des contaminations, en ajoutant des profils plus à risque que d’autres, cette deuxième vague disparaît…

    L’un des problèmes de ce modèle est que les paramètres décrivant cette variabilité sont théoriques. « La version actuelle de notre preprint explore des paramètres choisis pour tenir compte des valeurs obtenues par d’autres études sur le SRAS et d’autres maladies infectieuses. Nous travaillons actuellement à déduire ces coefficients de variation pour le Covid-19 à partir de données dans un certain nombre de pays », indique Gabriela Gomes, qui promet donc une mise à jour de son travail.

    Le rôle des « superpropagateurs »

    Si, pour tenir compte de la variabilité individuelle, la chercheuse se place du côté des « cibles », susceptibles d’être infectées, d’autres se placent du côté des « sources ». Il existe là aussi de fortes différences, avec des individus ou des situations plus ou moins contaminantes. On retrouve les mêmes règles d’« inégalité » que précédemment : 80 % des contaminations peuvent avoir été engendrées par 20 % des gens seulement, souvent qualifiés de « superpropagateurs ». A l’inverse, cette règle signifie que beaucoup de personnes ne transmettent pas la maladie. L’équipe d’Adam Kucharski, de l’Ecole d’hygiène et de médecine tropicale de Londres, a ainsi modifié les modèles épidémiologiques simples pour introduire cette variabilité. Les chercheurs ont ensuite évalué quelle hétérogénéité explique le mieux les données du début de l’épidémie. Ils ont trouvé, dans un article du 9 avril, que 9 % seulement des infections expliquaient 80 % des contaminations. Une autre équipe de l’université de Berne, le 30 janvier, avait trouvé 15 % au lieu de 9 %, avec une hétérogénéité plus faible.

    Or, « plus cette hétérogénéité est importante, plus l’épidémie a des chances de s’éteindre toute seule », rappelle Samuel Alizon. Les superpropagateurs sont rares et la majorité des personnes ne cause aucune infection secondaire, ce qui ralentit la propagation. « Cela permet de comprendre aussi pourquoi de grands rassemblements restent interdits car cela limite de facto la portée des supercontaminateurs », rappelle Julien Riou, coauteur de l’article de l’université de Berne.

    Mais ces deux manières de prendre en compte la situation hétérogène réelle posent cependant plusieurs questions. « L’une des raisons pour lesquelles cette hétérogénéité n’est souvent pas prise en compte dans les modèles est qu’il est difficile de la mesurer », souligne Gabriela Gomes. « Cela passe par le suivi de contacts et l’analyse de chaînes de transmission en début ou fin d’épidémie », indique Samuel Alizon. Une tâche compliquée.

    Ensuite, une fois connue cette variabilité, il s’agit d’identifier quels profils sont superpropagateurs ou les plus à risque. « L’intérêt pour une stratégie de santé publique est évident, car cibler les populations les plus à risque ou les plus infectantes peut être plus efficace que de cibler tout le monde, comme le fait un confinement généralisé », indique Samuel Alizon. Restera aussi à comprendre ce qui explique de telles particularités. Est-ce lié au porteur du virus ou bien aux conditions environnementales (densité de la population, pièce fermée, température/humidité…) ?

    Tous ces facteurs pourraient jouer de concert pour expliquer la décrue actuelle de l’épidémie.

    #coronavirus #covid_19 #immunité_croisée #santé_publique #épidémie

    • Oui. Mais ce que je comprends de l’hypothèse du papier (qui n’est rien d’autre qu’un relais ciblé sur un "public cultivé" du "comité scientifique"...) est un peu plus sioux : en gros l’épidémie arrive (peut massacrer : N-Y, Brésil, Inde, Iran si laisser aller) puis devient saisonnière. Affaire de "cinétique" de la propagation, affaire de rythmes hétérogènes (mais là, je vois comme je "pense" par ailleurs, sur d’autres objets.)

      J’avais laissé la mention d’un des exemples,

      Patrick Berche : « Quand la grippe espagnole s’est éteinte, le virus est devenu saisonnier » , Propos recueillis par Sandrine Cabut
      https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/08/patrick-berche-quand-la-grippe-espagnole-s-est-eteinte-le-virus-est-devenu-s

      Grippes, peste, SARS… Le médecin biologiste Patrick Berche revient sur d’anciennes pandémies, et comment elles ont décliné.

      Médecin biologiste, le professeur Patrick Berche est professeur émérite à l’université de Paris, membre de l’Académie de médecine. Il est l’auteur de nombreux ouvrages grand public consacrés à l’histoire de la médecine, aux maladies infectieuses et aux menaces biologiques.

      Les grandes épidémies du passé peuvent-elles nous éclairer pour prédire l’évolution de la pandémie de Covid-19 ?

      On peut bien sûr faire des analogies avec d’autres virus, comme ceux de la grippe, mais il est difficile d’extrapoler les connaissances. Celui-ci est complètement nouveau. Certes il est apparenté avec deux coronavirus pandémiques responsables, en 2002, du SARS [syndrome aigu respiratoire sévère], et, en 2012, du MERS [syndrome respiratoire du Moyen-Orient]. Mais le SARS-CoV et le MERS-CoV étaient beaucoup plus virulents et moins contagieux que le nouveau coronavirus, le SARS-CoV-2. La létalité du SARS est de 7 %, celle du MERS de 30 %, contre 0,7 % pour le nouveau coronavirus. Celui-ci est contagieux avant même les signes cliniques alors que le SARS-CoV-1 ne le devenait que deux jours après le début des symptômes. Cette association mortalité importante/faible contagiosité et les mesures sanitaires de quarantaine ont permis de casser la chaîne épidémique, ce qui explique pourquoi la pandémie de SARS est restée relativement limitée et s’est éteinte.

      Deuxième vague, persistance du virus à bas bruit… Les prédictions concernant le devenir de la pandémie dans les prochains mois sont très contrastées. Quelle est votre analyse ?

      Il reste beaucoup d’inconnues dans cette pandémie. Il est possible qu’elle s’éteigne, comme on l’a vu avec le SRAS et le MERS, mais on peut aussi envisager une résurgence atténuée, car seulement 10 % de la population serait immunisée. On considère qu’il faut un seuil d’immunité collective à 50 %-60 % pour endiguer une épidémie. Cependant, il semble exister une certaine immunité croisée avec les coronavirus saisonniers très répandus, comme le suggèrent des études récentes. Cela favoriserait l’immunité collective requise pour arrêter l’épidémie. Cela expliquerait aussi certaines disparités entre les pays. En cas de résurgence, nous sommes désormais beaucoup mieux préparés et la population est éduquée aux gestes barrières, lavage de mains et au port de masques, ce qui peut permettre d’éviter le confinement.

      Sur l’évolution de la virulence, je suis plutôt optimiste avec le SARS-CoV-2, car ce virus a un système de réparation de son ARN qui corrige les erreurs. Il mute ponctuellement comme tous les virus, mais reste relativement stable. C’est à la fois une bonne et une mauvaise nouvelle. Bonne parce qu’il est peu probable qu’émerge une souche plus virulente, même s’il faut rester prudent. Mauvaise puisque le virus ne perdra pas sa virulence, contrairement à d’autres virus épidémiques (grippe).

      En été, la promiscuité est moindre, on vit plus à l’air libre et il est possible que le virus survive moins bien dans l’environnement. Ces germes sont toutefois surtout transportés par les humains, dont la température est de 37 °C. Les données de l’épidémie dans les pays chauds doivent être interprétées avec prudence. En Afrique, le nombre de malades et de décès déclarés n’est pas très élevé, mais il y a une sous-déclaration manifeste et une forte mortalité infectieuse. Il s’agit aussi de populations jeunes, polyparasitées, pouvant conférer une immunité non spécifique. Il faut étudier de plus près ce qui se passe en Afrique. Le fait que l’Amérique du Sud soit très touchée, même s’il y a là aussi une sous-déclaration importante, suggère cependant que la température n’est pas le seul facteur.

      Revenons au passé, comment se sont finies les pandémies de grippe ?

      Les virus grippaux sont responsables d’épidémies saisonnières depuis le XVIe siècle et celles-ci prennent parfois une allure pandémique quand la virulence du virus se modifie de façon importante. La pandémie la plus connue, la grippe espagnole, qui a duré de 1918 à 1920, nous a beaucoup appris, et notamment qu’un virus grippal peut circuler pendant l’été. Après une première vague pendant l’hiver 1918, les autorités alliées avaient annoncé la fin de l’épidémie en juillet. Quelques jours plus tard, elle repartait et la deuxième vague a été bien plus mortelle, avec une létalité entre 2 % et 4 % (contre 0,1 % pour la première vague, un taux comparable aux épidémies saisonnières). Il faut aussi souligner que cette pandémie a atteint le continent africain avec une intensité particulière. Parmi les 50 millions de décès de la grippe espagnole, la majorité des décès sont survenus dans les pays en Afrique et en Asie.
      Quand cette pandémie s’est progressivement éteinte, le virus responsable, que l’on a identifié plus tard comme étant un H1N1, est devenu saisonnier. Jusqu’à aujourd’hui, les virus grippaux qui circulent sont des recombinants de ce H1N1 ancestral.

      Il y a encore beaucoup de mystères autour des virus de la grippe, leur saisonnalité, les résurgences. Une des théories est la migration pendulaire : l’hémisphère nord est atteint en hiver, à l’inverse de l’hémisphère sud durant l’hiver austral. Les virus grippaux seraient transportés par les voyageurs, expliquant l’impact considérable des transports aériens. L’existence de porteurs chroniques de ces virus est aussi avancée, mais n’est pas démontrée.

      La peste a aussi été responsable de nombreuses épidémies et plusieurs pandémies, qui ont décimé jusqu’à la moitié de la population. Comment cette maladie infectieuse a-t-elle régressé, même si elle n’a pas complètement disparu ?

      Le mode de transmission est particulier puisqu’il existe un réservoir de la bactérie Yersinia pestis, les rats. Pendant très longtemps, les épisodes de peste en Europe sont venus d’Orient, par bateau. En débarquant, les rats contaminés infectaient les rats noirs autochtones qui vivaient au contact des humains. Le bacille se transmettait principalement par des puces, passant des rongeurs à l’homme.
      Les épidémies débutaient en général par des cas de peste bubonique (atteinte des ganglions lymphatiques), puis certains malades faisaient des « métastases » pulmonaires. Cette peste pulmonaire peut diffuser par voie respiratoire entre humains. La mortalité atteignait souvent 80 %.
      Au fil des siècles, des périodes épidémiques ont alterné avec des phases de déclin. La peste de Justinien, la première pandémie, a duré de 541 à 767. Puis, il y a eu une deuxième pandémie, du XIVe au XIXe siècle, avec des résurgences régulières.

      Outre les mesures d’isolement des malades, la régression de la peste s’explique en partie par le remplacement des rats noirs par les rats norvégiens, qui, eux, ne vivent pas au contact des humains, à partir du XVIIIe siècle. L’amélioration du niveau de vie a joué aussi certainement un rôle car la peste est une maladie liée à la pauvreté. Mais les réservoirs n’ont pas disparu, et la peste non plus. Au XXe siècle, il y a eu plusieurs épidémies, notamment en Inde, en 1994-1995, et la peste est toujours endémique, notamment à Madagascar et aux Etats-Unis.

      La variole est-elle définitivement éradiquée ?

      Elle a été déclarée éradiquée officiellement en 1980, mais elle reste pour moi la plus sérieuse menace bioterroriste aujourd’hui. Le virus de la variole se transmet par voie respiratoire. C’est une infection qui est assez contagieuse [taux de reproduction de base, ou R0, de 3 environ], avec une létalité très forte, entre 25 % et 45%. De plus, les symptômes surviennent après quatorze jours d’incubation et l’éruption caractéristique après quatre jours de forte fièvre, ce qui retarde le diagnostic. Des centaines de souches de virus varioliques sont conservées dans des laboratoires américains, à Atlanta, et russes, en Sibérie. On craint qu’une dizaine de pays aient gardé des souches et que ce virus puisse être aussi synthétisé en laboratoire. Ce n’est pas le seul. En 2005, le virus très virulent de la grippe espagnole a pu être reconstitué entièrement à partir du cadavre d’une jeune femme inuit décédée en 1918, conservée dans le permafrost.

      #biologie #histoire

    • De ce que j’observe, c’est quand même pas mal la fête. Celles et ceux qui acceptaient le confinement (pas seulement dans son principe, très compréhensible, mais aussi dans ses modalités) font maintenant les rebelles avec force bisous, serrages de paluches et oubli de tous les gestes dits barrières. Et reviennent expliquer que vraiment, on n’a pas à contrôler leur vie ! Ah ah !

  • Natural history and transmission potential of asymptomatic #SARS-CoV-2 infection | Clinical Infectious Diseases | Oxford Academic
    https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa711/5851471

    Background
    Little is known about the natural history of asymptomatic SARS-CoV-2 infection or its contribution to infection transmission.

    Methods
    We conducted a prospective study at a quarantine center for COVID-19 in Ho Chi Minh City, Vietnam. We enrolled quarantined people with RT-PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection, collecting clinical data, travel and contact history, and saliva at enrolment and daily nasopharyngeal throat swabs (NTS) for RT-PCR testing. We compared the natural history and transmission potential of asymptomatic and symptomatic individuals.

    Results
    Between March 10th and April 4th, 2020, 14,000 quarantined people were tested for SARS-CoV-2; 49 were positive. Of these, 30 participated in the study: 13(43%) never had symptoms and 17(57%) were symptomatic. 17(57%) participants acquired their infection outside Vietnam. Compared with symptomatic individuals, asymptomatic people were less likely to have detectable SARS-CoV-2 in NTS samples collected at enrolment (8/13 (62%) vs. 17/17 (100%) P=0.02). SARS-CoV-2 RNA was detected in 20/27 (74%) available saliva; 7/11 (64%) in the asymptomatic and 13/16 (81%) in the symptomatic group (P=0.56). Analysis of the probability of RT-PCR positivity showed asymptomatic participants had faster viral clearance than symptomatic participants (P<0.001 for difference over first 19 days). This difference was most pronounced during the first week of follow-up. Two of the asymptomatic individuals appeared to transmit the infection to up to four contacts.

    Conclusions
    Asymptomatic SARS-CoV-2 infection is common and can be detected by analysis of saliva or NTS. NTS viral loads fall faster in asymptomatic individuals, but they appear able to transmit the virus to others.

    #asymptomatiques

  • « Aller à l’hôpital, y passer sa vie, y mourir », Douleur et souffrance 5/7 : l’#hôpital - Recherche de notre temps - (1ère diffusion : 09/04/1963). au moment de Naissance de la clinique
    https://www.franceculture.fr/emissions/les-nuits-de-france-culture/recherche-de-notre-temps-douleur-et-souffrance-57-lhopital-1ere-diffus

    «Un malade intelligent, c’est bien plus difficile à soigner.» un infirmier.

    Par Harold Portnoy - Présentation Michel Foucault - Avec Claude Revault d’Allones et Alfred Métraux - Réalisation José Pivin

    On aura beau décrier, dénoncer et conchier tant et plus #Michel_Foucault, ce à quoi il a contribué reste inoubliable.

    Toute la série vaut la peine.

    #douleur #souffrance #institution #clinique #soin

  • #OMS 5 juin 2020 (page 2) : transmission du #sars-cov2 selon le statut symptomatique, pré-symptomatique, asymptomatique du sujet porteur
    https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1279750/retrieve

    Current evidence suggests that most transmission of #COVID- 19 is occurring from symptomatic people to others in close contact, when not wearing appropriate PPE. Among symptomatic patients, viral RNA can be detected in samples weeks after the onset of illness, but viable virus was not found after day 8 post onset of symptoms (19, 20) for mild patients, though this may be longer for severely ill patients. Prolonged RNA shedding, however, does not necessarily mean continued infectiousness.

    Transmissibility of the virus depends on the amount of viable virus being shed by a person, whether or not they are coughing and expelling more droplets, the type of contact they have with others, and what IPC measures are in place. Studies that investigate transmission should be interpreted bearing in mind the context in which they occurred.

    There is also the possibility of transmission from people who are infected and shedding virus but have not yet developed symptoms; this is called pre-symptomatic transmission. The incubation period for COVID-19, which is the time between exposure to the virus and symptom onset, is on average 5-6 days, but can be as long as 14 days.(21, 22) Additionally, data suggest that some people can test positive for COVID-19, via polymerase chain reaction (PCR) testing 1-3 days before they develop symptoms.(23) Pre-symptomatic transmission is defined as the transmission of the COVID-19 virus from someone infected and shedding virus but who has not yet developed symptoms. People who develop symptoms appear to have higher viral loads on or just prior to the day of symptom onset, relative to later on in their infection.(24)

    Some people infected with the COVID-19 virus do not ever develop any symptoms, although they can shed virus which may then be transmitted to others. One recent systematic review found that the proportion of asymptomatic cases ranged from 6% to 41%, with a pooled estimate of 16% (12%–20%), (25) although most studies included in this review have important limitations of poor reporting of symptoms, or did not properly define which symptoms they were investigating. Viable virus has been isolated from specimens of pre-symptomatic and asymptomatic individuals, suggesting, therefore, that people who do not have symptoms may be able transmit the virus to others.(26) Comprehensive studies on transmission from asymptomatic individuals are difficult to conduct, but the available evidence from contact tracing reported by Member States suggests that asymptomatically-infected individuals are much less likely to transmit the virus than those who develop symptoms.
    Among the available published studies, some have described occurrences of transmission from people who did not have symptoms.(21,25-32) For example, among 63 asymptomatically-infected individuals studied in China, there was evidence that 9 (14%) infected another person.(31) Furthermore, among two studies which carefully investigated secondary transmission from cases to contacts, one found no secondary transmission among 91 contacts of 9 asymptomatic cases,(33) while the other reported that 6.4% of cases were attributable to pre-symptomatic transmission.(32) The available data, to date, on onward infection from cases without symptoms comes from a limited number of studies with small samples that are subject to possible recall bias and for which fomite transmission cannot be ruled out.

    • WHO Says Asymptomatic Spread “Rare,” Sparking Debate | Global Health NOW
      https://www.globalhealthnow.org/2020-06/who-says-asymptomatic-spread-rare-sparking-debate

      The WHO called into question the extent that asymptomatic people are spreading COVID-19, launching a global debate, The Hill reports.

      “From the data we have, it still seems to be rare that an asymptomatic person actually transmits onward to a secondary individual,” said Maria Van Kerkhove, the WHO’s technical lead for COVID-19, citing unpublished data from detailed contact tracing reports at a briefing yesterday. She suggested that the focus should be on following symptomatic cases.

      If accurate, the implications would be huge—perhaps allowing some shutdown restrictions to ease. But if wrong, it could undo months of hard work, at a time people are chafing at the restrictions.

      Already, shutdown critics are pouncing on the news on social media.

      But Harvard Global Health Institute director Ashish Jha posited in a Twitter thread that the WHO could be using the term “asymptomatic,” when it really means “presymptomatic,”—an important distinction. Jha suggests that the agency should be more clear in its messaging, and notes that some models “suggest 40-60% of spread is from people when they didn’t have symptoms,” Forbes reports.

  • Early Release - Effect of Environmental Conditions on #SARS-CoV-2 Stability in Human Nasal Mucus and Sputum - Volume 26, Number 9—September 2020 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/9/20-2267_article?deliveryName=USCDC_333-DM30183

    Abstract

    We found that environmental conditions affect the stability of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in nasal mucus and sputum. The virus is more stable at low-temperature and low-humidity conditions, whereas warmer temperature and higher humidity shortened half-life. Although infectious virus was undetectable after 48 hours, viral RNA remained detectable for 7 days.

    #température #humidité

  • Shutdowns prevented 60 million coronavirus infections in the U.S., study finds - The Washington Post

    https://www.washingtonpost.com/health/2020/06/08/shutdowns-prevented-60-million-coronavirus-infections-us-study-finds

    Shutdown orders prevented about 60 million novel coronavirus infections in the United States and 285 million in China, according to a research study published Monday that examined how stay-at-home orders and other restrictions limited the spread of the contagion.

    A separate study from epidemiologists at Imperial College London estimated the shutdowns saved about 3.1 million lives in 11 European countries, including 500,000 in the United Kingdom, and dropped infection rates by an average of 82 percent, sufficient to drive the contagion well below epidemic levels.

    The two reports, published simultaneously Monday in the journal Nature, used completely different methods to reach similar conclusions. They suggest that the aggressive and unprecedented shutdowns, which caused massive economic disruptions and job losses, were effective at halting the exponential spread of the novel coronavirus.

    #coronavirus #confinement

  • « Et voilà comment dans un pays sans culture de santé publique, où la #science est une opinion comme une autre, un grand patron autoritaire et caractériel, symbole d’un système mandarinal, est devenu une figure de la contre-culture populiste. » Excellente analyse du phénomène #Raoult, et des raisons de son succès.

    https://www.liberation.fr/france/2020/06/01/didier-raoult-general-boulanger-de-la-medecine_1789960

    • Ce qu’il faut comprendre ici, c’est que tout ce petit monde se connaît, et se tient, pour rester poli, par la barbichette. Dénoncer les errances de Raoult, c’est dénoncer un système dans lequel des pontes inamovibles peuvent rester en place bien après leur date limite de vente. Un système dans lequel Philippe Douste-Blazy, ancien défenseur du Vioxx, peut déclarer à la télévision que l’hydroxychloroquine n’a pas de toxicité cardiaque… Un système dans lequel la défense du protocole Raoult est assurée à la télévision par Christian Perronne, qui assurait en 2016 que l’explosion « cachée » de la maladie de Lyme serait due à une prolifération mal contrôlée de tiques trafiquées par un chercheur en virologie nazi réfugié aux Etats-Unis…

      #Christian_Lehmann #santé_publique #recherche #mandarins #mandarinat #médecine

  • Chloroquine : #Surgisphere, cette entreprise fantôme au cœur du scandale du Lancet
    https://www.lefigaro.fr/sciences/chloroquine-surgisphere-cette-entreprise-fantome-au-coeur-du-scandale-du-la

    ... les trois études suspectes ont toutes trois auteurs en commun. Deux d’entre eux, le Pr Mandeep Mehra et le Dr Amit Patel, [...] ont demandé jeudi la rétractation de l’article publié dans le Lancet, mettant en cause le troisième auteur, le Dr Sapan Desai, fondateur et PDG de Surgisphere. C’est sur ce dernier, et sa mystérieuse petite entreprise, que se concentrent désormais tous les soupçons.

    [...] Il faut se rendre à l’évidence, Surgisphere est en fait une coquille vide. Les données sont incohérentes et matériellement impossibles à collecter dans autant d’établissements sans qu’aucun partenariat ne soit mentionné. La seule explication qui tienne, c’est que les données sont inventées de toutes pièces. Le Lancet n’a clairement pas fait le travail de vérification nécessaire avant publication, mais pour sa défense, cette #fraude est tellement énorme qu’elle était en fait #inimaginable.

  • ENQUETE FRANCEINFO. #Chloroquine : sur les traces de #Surgisphere, la société au cœur du scandale de l’étude du « Lancet »
    https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/enquete-franceinfo-chloroquine-sur-les-traces-de-surgisphere-la-societe

    Surgisphere. Cette entreprise américaine est celle par laquelle le scandale est arrivé, jetant le trouble sur le travail de la communauté scientifique en pleine pandémie de coronavirus. Surgisphere a, en effet, fourni et analysé les données sur lesquelles des chercheurs se sont appuyés pour évaluer l’efficacité des controversées chloroquine et hydroxychloroquine contre le Covid-19. Leurs travaux parus dans The Lancet ont eu un tel retentissement qu’ils ont eu des répercussions politiques, conduisant notamment l’Organisation mondiale de la santé à suspendre les essais sur ces médicaments.

    Mais, bien vite, des scientifiques ont décelé des incohérences dans les chiffres et les statistiques de l’étude. Le refus de Surgisphere de donner accès à ses données a empêché toute évaluation indépendante des travaux et semé un peu plus le doute sur la fiabilité, voire l’existence de la base de données. Trois des quatre auteurs de l’étude ont fini par se rétracter. Et le mystère entourant cette entreprise demeure.

  • « Quoi qu’il arrive, on ne pourra pas refaire un #confinement généralisé en #France » - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/quoi-qu-il-arrive-on-ne-pourra-pas-refaire-un-confinement-generalise-en-f

    Entretien avec le Pr Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique français,

    Faut-il donc craindre un nouveau pic à la rentrée ?

    Si on regarde l’historique des grandes #pandémies de virus respiratoires, on voit que huit sur dix régressent dans les pays européens de manière spontanée durant l’été. En revanche, vous en avez cinq sur dix qui récidivent à l’automne. Il faut rester extrêmement vigilants.

    #coronavirus #sars-cov2 #COVID-19

    • Plus de données et hop  !, plus de malades  !
      #abracadabra

      On Friday night, Brazil’s government stopped releasing the cumulative numbers of confirmed Covid-19 cases and obits in its daily bulletin and only supplied daily numbers. A health ministry site was taken offline and returned on Saturday without the total number of deaths and confirmed cases, as well as numbers of cases under investigation and those that recovered. The death counts were reported as 904 on Saturday, 1,005 on Friday and 1,473 on Thursday.

      The move was widely criticised across Brazilian society, with doctors, medical associations and state governors attacking what they called an attempt to control information. Federal prosecutors announced an investigation on Saturday and gave the interim health minister 72 hours to explain the move, using the Brazilian constitution and freedom of information law as justification.

      “The manipulation of statistics is a manoeuvre of totalitarian regimes,” tweeted Gilmar Mendes, a supreme court judge. “The trick will not exempt responsibility for the eventual genocide.” Rodrigo Maia, speaker of the lower house of Congress, called for the data to be replaced for “transparency”.

  • Covid-19 : la place des tests sérologiques toujours en débat - Sciences et Avenir
    https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-la-place-des-tests-serologiques-toujours-en-debat_144972

    « Mais qu’est ce que cette information va m’apporter à titre individuel ? », interroge le Pr Pierre Tattevin, infectiologue au CHU de Rennes.

    « Si ma #sérologie est positive, est-ce que ça m’autorise à aller me balader dans les rues, dans les magasins sans masque ? La réponse est non. On n’en sait pas encore assez », prévient-il.

    En effet, « on ne sait toujours pas formellement si cette activité neutralisante est associée à une protection contre la réinfection », explique à l’AFP le Pr Olivier Schwartz, responsable de l’unité virus et immunité à Pasteur.

    En attendant, le « principe de précaution » prévaut donc, d’autant que même si un test sérologique positif garantissait l’absence de risque personnel, il n’autoriserait pas pour autant à baisser la garde.

    « Si vous serrez la main de quelqu’un qui est malade, même si vous-même ne tombez pas malade, vous pouvez ensuite serrer d’autres mains ou déposer du virus sur des surfaces et ainsi contaminer d’autres personnes », a averti le ministre de la Santé Olivier Véran.

  • Covid-19 : l’hydroxychloroquine n’a « pas d’effet bénéfique », selon l’essai clinique Recovery
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/06/05/covid-19-l-hydroxychloroquine-n-a-pas-d-effet-benefique-selon-l-essai-cliniq

    L’hydroxychloroquine ne montre « pas d’effet bénéfique » pour les malades du Covid-19, selon les responsables de l’essai clinique britannique Recovery, qui ont annoncé, vendredi 5 juin, l’arrêt « immédiat » de l’inclusion de nouveaux patients pour ce traitement.

    Recovery, essai clinique majeur dont les résultats étaient très attendus, était l’un des seuls à n’avoir pas suspendu ses tests sur l’hydroxychloroquine après une étude controversée du Lancet, depuis retirée, qui pointait du doigt l’inefficacité voire l’effet néfaste de la molécule.

    « Nous avons (…) conclu qu’il n’y avait aucune preuve d’un effet bénéfique de l’hydroxychloroquine chez les patients hospitalisés avec le Covid et nous avons décidé d’arrêter de recruter des patients pour la partie hydroxychloroquine avec effet immédiat », a dit Martin Landray, professeur à l’université d’Oxford et codirecteur de l’étude. « Ce n’est pas un traitement contre le Covid. Cela ne marche pas », a-t-il ajouté.

    « Ces résultats devraient changer les pratiques médicales à travers le monde. Nous pouvons maintenant arrêter d’utiliser ce traitement qui est inutile. »

    Recovery est un essai clinique contrôlé et randomisé (patients choisis par tirage au sort), méthode d’expérimentation considérée comme la plus solide pour tester des médicaments. Il est mené au Royaume-Uni sur plus de 11 000 patients de 175 hôpitaux pour évaluer l’efficacité de plusieurs traitements contre le Covid-19.

    La partie hydroxychloroquine a concerné 1 542 patients ayant reçu la molécule, comparés à 3 132 patients ayant bénéficié d’une prise en charge standard. Les chercheurs concluent qu’il n’y a pas de différence significative entre les deux groupes ni pour la mortalité à 28 jours, ni pour la durée d’hospitalisation.

  • Covid 19 : comment anticiper une reprise ou non du virus ?
    https://www.franceculture.fr/emissions/la-question-du-jour/covid-19-comment-anticiper-une-reprise-ou-non-du-virus

    Le pire est-il derrière nous ? Y aura-t-il un rebond, cet été, à l’automne, plus tard ? Des questions qui suscitent aujourd’hui autant d’intérêt que d’incertitude ou d’inquiétude. Comment anticiper une reprise ou non du virus ? Quels éléments permettent de se risquer à certaines hypothèses ? 

    Guillaume Erner reçoit le Professeur Yonathan Freund, médecin urgentiste à la Pitié Salpêtrière à Paris.

    En gros, pas d’arrivée de malades #Covid-19 aux urgences actuellement, pas de #deuxième_vague cet été, si elle survenait plus tard, elle serait bien moins forte que la première (un #rebond).

  • Gestion des #risques_industriels : la commission d’enquête sénatoriale sur l’incendie de #Lubrizol appelle à des changements majeurs
    https://www.banquedesterritoires.fr/gestion-des-risques-industriels-la-commission-denquete-senatori

    Défaut d’information du public, système d’alerte dépassé, manque de moyens dédiés à l’inspection des installations classées, relative « indulgence » vis-à-vis des industriels, défaut de coordination des services de l’État, élus locaux et professionnels de santé laissés de côté… : la commission d’enquête du Sénat sur l’incendie de l’usine Lubrizol à Rouen, survenu le 26 septembre dernier, a mis en exergue dans son rapport publié ce 4 juin des « manquements graves qui nuisent à l’efficacité des mécanismes de prévention des accidents industriels ». Dénonçant « des angles morts inacceptables » en la matière, les sénateurs ont formulé six grands axes de recommandations, parmi lesquels une meilleure coordination entre l’État et les collectivités territoriales pour que les élus soient mieux associés aux politiques de prévention des risques industriels.

    La synthèse du rapport : http://www.senat.fr/rap/r19-480-1/r19-480-1-syn.pdf
    Le rapport : http://www.senat.fr/rap/r19-480-1/r19-480-1.html

  • On va enfin le savoir, grâce à une étude randomisée en double aveugle : est-ce que la prière est efficace pour soigner les malades de Covid-19 qui sont en soins intensifs ?

    The COVID-19 ICU PRAYER Study - Full Text View - ClinicalTrials.gov
    https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04361838

    This is a multicenter; double blind randomized controlled study investigating the role of remote intercessory multi-denominational prayer on clinical outcomes in COVID-19 + patients in the intensive care unit. All patients enrolled will be randomized to use of prayer vs. no prayer in a 1:1 ratio. Each patient randomized to the prayer arm will receive a “universal” prayer offered by 5 religious denominations (Christianity, Hinduism, Islam, Judaism and Buddhism) in addition to standard of care. Whereas the patients randomized to the control arm will receive standard of care outlined by their medical teams. During ICU stay, patients will have serial assessment of multi-organ function and APACHE-II/SOFA scores serial evaluation performed on a daily basis until discharge. Data assessed include those listed below.

  • Opinion | Who Is Most Likely to Die From the #Coronavirus? - The New York Times
    https://www.nytimes.com/interactive/2020/06/04/opinion/coronavirus-health-race-inequality.html

    Decades of systematic racism have also left their marks on health inequality. In low-income communities that are also deeply concentrated with people of color , the prevalence of health conditions that are risk factors for Covid-19 is two to three times higher than the median.

    #racisme #pauvreté #santé

  • Coronavirus : une partie de la population pourrait être déjà protégée par une immunité croisée

    L’existence d’une immunité croisée, acquise en combattant d’autres infections, semble probable, mais les études pour le démontrer sont encore préliminaires.

    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/06/04/coronavirus-et-si-une-partie-de-la-population-etait-deja-protegee_6041689_32

    Certaines personnes seraient en partie protégées contre le SARS-CoV-2 par des défenses acquises en combattant d’autres infections. Ces défenses reposent sur deux piliers : les lymphocytes B (qui produisent les anticorps) et les lymphocytes T, dont les CD4 (les « chefs de guerre ») et les CD8 (les « soldats tueurs »). Après chaque infection, le corps « stocke » pour une durée plus ou moins longue une partie de cet arsenal : elle sera réactivée en cas de nouvelle attaque par le même agent infectieux, ou par un autre présentant certaines similitudes.

    « Le plus bel exemple d’immunité croisée, c’est la vaccine et la variole », remarque Hervé Fleury, professeur émérite à l’université de Bordeaux (CNRS UMR5234). La vaccine est la variole des vaches et, contrairement à la variole humaine, c’est une maladie bénigne. « Au XVIIIe siècle, un médecin anglais, Edward Jenner, contamine volontairement un homme avec la vaccine. Exposé ensuite au virus de la variole, l’homme “vacciné” ne développe pas la maladie. L’immunité acquise vis-à-vis d’un virus proche de celui de la variole protège efficacement contre cette dernière », raconte le virologue.

    (...)

    C’est aussi l’explication avancée au fait que les jeunes enfants font généralement des formes beaucoup moins graves de Covid-19, alors qu’ils peuvent autant être infectés que les adultes. Cette protection croisée serait héritée des fréquentes infections par l’un des quatre coronavirus saisonniers. Dans une étude britannique, les trois quarts des enfants de 3 ans avaient déjà été infectés par deux des coronavirus saisonniers, notamment CoV-NL63, qui utilise le même récepteur que le SARS-CoV-2 pour infecter les cellules.

    « Il y a eu peu d’études sur les coronavirus saisonniers. Il faut étudier le type de protection croisée qui pourrait en résulter, mais elle pourrait ne pas avoir un fort impact, car la réponse immunitaire est souvent proportionnelle à l’intensité des manifestations clinique », tempère M. Di Santo.

    #covid-19

    • Grâce à un phénomène appelé « immunité croisée », certaines personnes seraient en partie protégées contre le SARS-CoV-2 par des défenses acquises en combattant d’autres infections. Ces défenses reposent sur deux piliers : les lymphocytes B (qui produisent les anticorps) et les lymphocytes T, dont les CD4 (les « chefs de guerre ») et les CD8 (les « soldats tueurs »). Après chaque infection, le corps « stocke » pour une durée plus ou moins longue une partie de cet arsenal : elle sera réactivée en cas de nouvelle attaque par le même agent infectieux, ou par un autre présentant certaines similitudes.

      « Le plus bel exemple d’immunité croisée, c’est la vaccine et la variole » , remarque Hervé Fleury, professeur émérite à l’université de Bordeaux (CNRS UMR5234). La vaccine est la variole des vaches et, contrairement à la variole humaine, c’est une maladie bénigne. « Au XVIIIe siècle, un médecin anglais, Edward Jenner, contamine volontairement un homme avec la vaccine. Exposé ensuite au virus de la variole, l’homme “vacciné” ne développe pas la maladie. L’immunité acquise vis-à-vis d’un virus proche de celui de la variole protège efficacement contre cette dernière » , raconte le virologue.

      Lors de la pandémie de grippe A(H1N1) en 2009-2010, les personnes âgées étaient moins sujettes à une forme grave de la maladie, à l’inverse des jeunes. On suppose qu’elles avaient conservé une réponse cytotoxique CD8 acquise contre d’autres souches de virus grippal de type H1N1 ayant circulé quelques décennies plus tôt.

      Une partie de la population pourrait de même bénéficier d’une certaine protection contre le SARS-CoV-2. En l’absence d’un vaccin, celle-ci compenserait en partie le faible niveau d’immunité dans la population, même s’il est trop tôt pour en connaître l’impact.

      « Distance génétique »

      Ainsi, une étude, publiée dans la prestigieuse revue Cell https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(20)30610-3.pdf
      par une équipe californienne, montre que 100 % des patients infectés par le SARS-CoV-2 possèdent des CD4 réagissant au virus, mais c’est aussi le cas de 50 % des personnes qui ne l’ont jamais rencontré. Ces chiffres sont de 70 % et 20 % respectivement pour les CD8.

      « Cette immunité croisée pourrait jouer un rôle chez les personnes peu ou pas symptomatiques, notamment les enfants » , souligne le virologue Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS, en rappelant qu’ « au début de l’épidémie on pensait que la distance génétique entre le SARS-CoV-2 et les autres coronavirus était trop lointaine pour que cela marche » . Depuis, les connaissances ont évolué.

      « Plusieurs publications ont montré l’existence d’une protection croisée contre le SARS-CoV-2 chez des personnes qui ont été infectées par le SARS-CoV en 2003. Le problème est qu’il y avait eu peu de cas d’infection lors de l’épidémie de SRAS [syndrome respiratoire aigu sévère]. Rien à voir avec la pandémie actuelle » , souligne James Di Santo, directeur du laboratoire Immunité innée à l’Institut Pasteur (Inserm U1223). Peu de gens bénéficieraient donc de cette protection liée au SRAS.

      La réponse humorale est facilement mise en évidence en plaçant la souche virale en présence du sérum à analyser et en regardant si les anticorps qu’il contient bloquent la réplication du virus. « La réponse cytotoxique par les CD8 est plus difficile à mesurer. il faut stimuler in vitro les cellules et voir si elles fabriquent de l’interféron gamma » , détaille le professeur Fleury. Les deux réponses sont présentes face au SARS-CoV-2. Une équipe australienne décrit dans Nature Medicine
      https://www.nature.com/articles/s41591-020-0819-2
      le cas d’une femme de 47 ans, hospitalisée pour un Covid-19. A partir du septième jour après l’apparition des symptômes, elle a développé une réponse immunitaire aussi bien sous forme d’anticorps neutralisants que de lymphocytes T CD8 cytotoxiques.

      « Ligne de défense »

      Dans une étude, publiée le 18 mai sur le site de la revue Nature ,
      https://www.nature.com/articles/s41586-020-2349-ydes chercheurs d’une biotech suisse et de plusieurs universités ont passé au crible les anticorps monoclonaux produits par les lymphocytes B à mémoire d’un individu infecté par le SARS-CoV en 2003. L’un d’entre eux, appelé S309, possède une forte capacité de neutraliser le SARS-CoV-2.

      Encore mal connue, l’#immunité_cellulaire serait déterminante pour combattre le SARS-CoV-2. « La défaillance de cette ligne de défense favoriserait la réplication virale, ce qui entraînerait la production d’un grand nombre d’anticorps, peut-être pas suffisamment efficaces ou arrivant trop tard dans la bataille » , indique M. Decroly.

      Pour leur part, des chercheurs de l’hôpital universitaire de la Charité,
      https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.20061440v1
      à Berlin, ont retrouvé des lymphocytes T CD4 chez 83 % de dix-huit malades du Covid-19, mais aussi chez un tiers d’un groupe de 68 donneurs de sang en bonne santé et séronégatifs. Chez ces derniers, ces cellules pourraient être porteuses d’une mémoire acquise lors de rhumes dus à des coronavirus saisonniers.

      C’est aussi l’explication avancée au fait que les jeunes enfants font généralement des formes beaucoup moins graves de Covid-19, alors qu’ils peuvent autant être infectés que les adultes. Cette protection croisée serait héritée des fréquentes infections par l’un des quatre coronavirus saisonniers. Dans une étude britannique, les trois quarts des enfants de 3 ans avaient déjà été infectés par deux des coronavirus saisonniers, notamment CoV-NL63, qui utilise le même récepteur que le SARS-CoV-2 pour infecter les cellules.

      « Il y a eu peu d’études sur les coronavirus saisonniers. Il faut étudier le type de protection croisée qui pourrait en résulter, mais elle pourrait ne pas avoir un fort impact, car la réponse immunitaire est souvent proportionnelle à l’intensité des manifestations clinique » , tempère M. Di Santo.

      Différents scénarios

      En modifiant la circulation du virus et la population susceptible d’être infectée, l’existence d’une immunité croisée change l’allure des modèles utilisés pour « prédire » l’évolution de l’épidémie. Dans un article publié dans la revue Science ,
      https://science.sciencemag.org/content/368/6493/860.long
      une équipe de l’école de santé publique Harvard T. H. Chan (Boston) explore différents scénarios en faisant varier le degré d’immunité croisée avec deux autres coronavirus saisonniers − HCoV-OC43 et HCoV-HKU1 −, la durée de l’immunité contre le SARS-CoV-2 et la valeur selon les saisons du R0, le nombre moyen de personnes contaminées par chaque individu infecté.

      A une exception près, tous les scénarios prédisent une réémergence de l’épidémie avec des vagues espacées de plusieurs mois ou années. « Même si l’immunité contre le SARS-CoV-2 ne dure que deux ans, une légère (30 %) immunité croisée modérée contre le HCoV-OC43 et le HCoV-HKU1 pourrait efficacement empêcher la transmission du SARS-CoV-2 pendant trois ans, avant une résurgence en 2024 », estiment les auteurs de l’article. Si la protection conférée par une première infection se révèle inférieure à un an, le SARS-CoV-2 pourrait réapparaître chaque hiver, avec des « vaguelettes » semblables à celles des autres coronavirus. Rien de comparable avec la vague qui s’achève.

      L’état des connaissances scientifiques ne permet pas de privilégier un scénario plutôt que l’autre : les mécanismes d’immunité croisée sont encore mal cernés, et la durée de l’immunité acquise par les personnes infectées par le SARS-CoV-2 ne sera pas connue avant plusieurs années. Il a fallu attendre 2006 pour déterminer que les anticorps présents chez les personnes touchées par le SRAS de 2003 diminuaient beaucoup après deux ans.
      https://academic.oup.com/jid/article/193/6/792/1031353

      Des études sérologiques seront aussi nécessaires pour estimer avec précision la part de la population contaminée par le SARS-CoV-2 après la première vague épidémique, et le nombre de personnes déjà immunisées contre d’autres coronavirus, susceptibles, donc, d’être protégées. Enfin, l’impact des mesures de distanciation physique n’est pas pris en compte par les épidémiologistes dans ces scénarios.

      Paul Benkimoun, Chloé Hecketsweiler

      #immunité #immunité_croisée

    • L’URL de l’article du Monde révèle que le titre d’origine n’était pas bien glorieux (genre titre qui buzz) : « coronavirus-et-si-une-partie-de-la-population-etait-deja-protegee ».